《漫威超级英雄DBG》将世界观建立在漫威漫画宇宙中。为了布置游戏，玩家选择一个反派首脑（万磁王，邪神洛基，毁灭博士等），将那个特定反派的攻击牌放置在其下方，然后根据那个反派的特定方案修改反派卡组。然后玩家选择一些英雄卡组-蜘蛛侠，绿巨人，独眼巨人，金刚狼等-并将它们洗混在一起;由于玩家在只使用十五个英雄卡组中的少数几个，所以英雄卡组可以在可用的范围内有很大的调整空间。

在游戏过程中，玩家将招募强大的英雄卡加入自己，以建立一个更强大和更丰富的卡组。玩家需要同时提升自己的招募能力（招募更多的英雄）和他们的战斗能力（打击那些不断跳出来制造麻烦的反派）。玩家从五张牌的阵列中招募英雄，根据需要重新填充空槽。在一位玩家的回合开始时，他揭示一个反派，并把它添加到反派队列中。反派队列空间有限，如果填满，最早进入的反派将会逃跑，可能以某种方式惩罚英雄。一些反派第一次出现时也会采取行动，例如绑架一名无辜的旁观者。反派卡组还包含“主攻”卡片，当其中一个出现时，反派首脑（受游戏控制）获得一个额外行动。

玩家战斗击倒反派时，他们将这些卡片收起来，在游戏结束时将会计算分数。同时玩家也能够够攻击反派首脑；如果一个玩家有足够的战斗力，他可以宣告反派首脑下方的攻击卡片，这将对游戏产生特别的影响。如果所有这些卡被宣告，游戏结束，玩家统计他们的积分对比输赢。如果反派首脑完成他的计划，或者有一定数量的反派逃跑，或者英雄收到一定程度的伤害，那么游戏失败。